genpop{}                     Package: unknown                     R Documentation

Funo didtica para estudo do Princpio de HArdy-Weinberg


Description:

genpop simula e grafica a frequncia do alelo p ao longo de geraes em diferentes 
cenrios. Se s=0, a flutuaao nas frequcias se dar apenas por deriva gentica 
(processo estocstico), mas, se s>0, as frequncias flutuaro devido  deriva 
gentica e seleo natural (processo de terminstico).


Usage:

genpop(n, npop, freqi, ntime, s=0, sel.dom="no")


Arguments:

n           numrico; nmero de populaes que sero simuladas.

npop        numrico; nmero de indivduos em cada populao.

freqi       numrico; frequncia inicial do alelo p nas populaes. Valor deve             
            estar entre 0 e 1.

ntime       numrico; nmero de geraes simuladas.

s           numrico; coeficiente de seleo natural. Valor deve estar entre zero              
            e 1, sendo que, quanto maior o valor, mais intensa ser a seleo. O               
            valor default  0.

sel.dom     lgico; se for TRUE a seleo recair sobre os fentipos dominantes,
            se for FALSE a seleo recair sobre o fentipo recessivo. O valor
            defaut  "no", apenas para situaes em que s=0.


Details:

A funo genpop baseia-se nas premissas de que o gene em questo possui apenas dois 
alelos, p e q, e se expressa por dominncia completa. Por ser bi-allico, isso 
significa que ao inserir freqi=0.2, teremos p=0.2 e q=0.8. E relao  dominncia 
completa temos os gentipos (p^2) e (2*p*q) que expressam o fentipo dominante e o 
gentipo (q^2) que expressa o fentipo recessivo. Alm disso, outras premissas so 
que o nmero de indivduos na populao  igual ao tamanho efetivo populacional e os 
organismos se reproduzem de forma pan-mtica.


Value:

A funo genpop retorna um grfico com a frequncia do alelo p no eixo y e o nmero de 
geraes no eixo x. 
O ponto em preto marca o valor inicial de p e a linha preta tracejada  a trajetria 
determinstica (sem deriva) esperada. 
Cada uma das linhas coloridas representa a flutuao na frequncia do alelo p em uma 
populao. 
Na parte superior da janela grfica est reportado os valores que foram inseridos nos 
argumentos, e tambm o nmero de populaes em que alelos foram fixados. Populaes com 
valores de p=1 fixaram o alelo p, enquanto que populaes com valores de p=0 fixaram o 
alelo q. 
 

Warnings:

Caso seja escolhido valores muito grandes para os argumentos n, npop e ntime, a funo 
pode demorar para retornar o grfico. Se for simular a trajetria da frequncia do alelo 
por muitas geraes, esteja ciente de que os alelos podem ser fixados em perodos curtos 
de tempo. Se isso acontecer, as linhas ficaro aglutinadas no incio do grfico.


Notes:

Ao selecionar um valor para o coeficiente de seleo maior que zero, s>0,  necessrio 
indicar o fentipo que sofrer a selao no argumento sel.dom. Caso contrrio, se s=0, 
o argumento sel.dom estar com o valor default.


Author(s):

Funo desenvolvida por Louise M. Alissa (2016).
louisem.alissa@gmail.com


References:

Ridley, M. (2006) Evoluo. Artmed, 3ed.


See also:

package:HardyWeinberg.
Enquanto a funo genpop  apenas uma simplificao para fins didticos, esse pacote 
possui testes estatsticos e grficos para anlise de equilbrio de Hardy-Weinberg.


Examples:

## Vendo efeito de deriva: 
# populaes pequenas fixam alelos em menor nmero de geraes
genpop(n=20, npop=200, freqi=0.5, ntime=300, s=0, sel.dom="no")
genpop(n=20, npop=20, freqi=0.5, ntime=300) # no precisa especificar se s=O

## Vendo efeito se seleo no dominante: 
# p selecionado negativamente; veja as diferentes intensidades
genpop(n=20, npop=100, freqi=0.5, ntime=100, s=0.1, sel.dom=TRUE)
genpop(n=20, npop=100, freqi=0.5, ntime=100, s=0.2, sel.dom=TRUE) 

## Vendo efeito de seleo no recessivo: 
# p selecionado positivamente; veja as diferentes intensidades
genpop(n=20, npop=100, freqi=0.5, ntime=100, s=0.1, sel.dom=FALSE)
genpop(n=20, npop=100, freqi=0.5, ntime=100, s=0.2, sel.dom=FALSE) 

## Vendo efeito do tempo: 
# dado o tempo necessrio h fixao
genpop(n=20, npop=200, freqi=0.5, ntime=100, s=0, sel.dom="no")
genpop(n=20, npop=200, freqi=0.5, ntime=1000, s=0, sel.dom="no")
